Epilepsia on aivojen sähköisen toiminnan häiriö, joka aiheuttaa toistuvia kohtauksia. Kohtauksien luonne vaihtelee ja koiralla voi olla erilaisia häiriöitä motoriikassa, hermoston toiminnassa, tajunnassa ja käytöksessä. Kohtauksen aikana koira voi olla tajuton tai tajuissaan. Mikäli koira kouristelee, puhutaan yleistyneestä kohtauksesta. Kohtaus voi olla myös paikallinen, jolloin esimerkiksi yksi raaja kouristelee. Paikallisalkuinen kohtaus voi laajeta yleiseksi kohtaukseksi.
Kohtauksen laatu riippuu siitä, missä osaa aivoja sähköinen häiriö saa alkunsa ja miten se leviää. Epilepsiaa sairastavaa koiraa ei saa käyttää jalostukseen ja sellaisten sukulinjojen käytöä tulisi välttää, joissa epilepsiaa on todettu. Epilepsiaan ei australiankarjakoirille ole olemassa vielä geenitestiä.
Ensimmäinen epilepsiakohtaus tulee koiralle yleensä jo nuorena, noin 1-vuotiaana. Perinnöllinen epilepsia voi kuitenkin puhjeta myös vanhemmalla iällä. Epilepsiaa ei voida parantaa, mutta sitä voidaan yrittää hoitaa lääkityksellä. Lääkityksen aloittamiseen vaikuttaa kohtauksien esiintymistiheys ja vakavuus.
Australiankarjakoirilla epilepsia ei ole yleinen sairaus. Epilepsiaa sairastavia australiankarjakoiria tiedetään olleen maassamme muutamia yksilöitä, eikä sairaus maailmallakaan ole kovinkaan yleinen.